Il monastero fu fondato da donna Морой Диаш nel 1280 per le monache clarisse. Il monastero fu di breve durata, e nel 1311 ha cessato di esistere. Nel 1316 anno, la moglie del re Диниша I, la regina Isabella di Portogallo, ha ricostruito il monastero.

La regina Isabella Portoghesi chiamavano ancora «Santa regina» per la sua eccezionale devozione e di giustizia. La regina lo stesso era famoso per il suo buon carattere, basato ospedali, orfanotrofi e scuole. Dopo la morte di suo marito, il re Диниша, lei si ritirò in questo monastero. E nel 1336 anno la regina morì e fu sepolta nel convento di tomba, decorata in stile gotico. Nel 1626 la regina Isabella fu canonizzata per la sua carità e le opere buone.

Il primo architetto del monastero è stato Домингош Домингуес, noto per il suo lavoro su gallerie monastero di Alcobaça. Ha continuato il suo lavoro di questo architetto Эштевао Домингуес, che divenne famoso con le sue opere al di sopra di gallerie cattedrale di Lisbona. Nel 1330 anno ha avuto luogo la consacrazione della chiesa, e un po ' più a sud della chiesa è stato collegato un monastero. Il monastero è molto spesso преподносились donazioni in denaro e doni. All'inizio del XVI secolo la chiesa è stata decorata a siviglia, piastrelle e sono stati installati nuovi altari.

Così come il monastero e la chiesa sono stati costruiti sulla riva sinistra del fiume Mondego, dopo un anno di edifici sono stati inondati usciti dalla costa le acque del fiume. E, attraverso i secoli, il monastero di затапливался sacco di volte. A causa delle frequenti alluvioni nel monastero non era possibile trovarsi, e il re Giovanni IV ordinò di lasciare l'edificio e trasferirsi in un nuovo monastero e convento di Santa Clara-a-Nova, costruito su una collina nei pressi di un vecchio edificio. La tomba con le ceneri della regina Isabella e altre persone reali è stato trasferito in un nuovo edificio.

Con il tempo, un antico monastero trasformato in un cumulo di macerie. Nel 1910 l'edificio è stato inserito nella lista dei monumenti di importanza nazionale, e alcuni реконструкционные lavori sono stati effettuati nella prima metà del XX secolo.