L'architettura della sinagoga di Ben Ezra non è diverso da standard e architettura copti chiese. Questo è accaduto perché l'edificio era in origine era la chiesa, ma alla fine del X secolo, califfo Hakim ha chiuso la chiesa. In tempi successivi l'edificio ha riacquistato la comunità ebraica, che in quel momento era di gran parte della società egiziana. La sinagoga è stato chiamato per il rabbino di Gerusalemme, Abraham ben Ezra.

Diventata famosa sinagoga fatto che nel XIX secolo, durante la riparazione, qui è stato scoperto un tesoro di migliaia di documenti dell'XI-XII secolo.
Recentemente, la sinagoga ristrutturato.