La chiesa di San Sebastian si trova sulla cima di una collina, vicino al mercato del pesce, a nord della città di Lagos. Da questa posizione offre una splendida vista sulla baia. La chiesa è considerata una delle più antiche e belle chiese della città.

Ancora prima che venisse costruita una chiesa in questo luogo nel 1325 era la cappella dell'Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria. Nel 1463, il vescovo di Жуао de Mello ha portato, per in questo luogo fu costruita una chiesa. Nel 1490, per ordine del re del Portogallo, don Жуао II, ancora una volta sono stati condotti реконструкционные di lavoro, e la chiesa è stata ampliata. Dopo questo la chiesa consacrata come chiesa di San Sebastian (chiesa di san Sebastiano). Purtroppo, come è successo a molti edifici storici in Portogallo, la chiesa fu quasi completamente distrutto durante il terremoto di Lisbona nel 1755. La chiesa ricostruita due secoli più tardi, la chiesa fu nuovamente distrutta da un terremoto che si è verificato nel 1969. Con il tempo la chiesa venne restaurata.

All'interno della chiesa a tre navate, suddivise дорическими colonne. Originale l'altare principale della chiesa risale al XVI secolo. L'altare è costituito da quattro pannelli. Si presume che questi pannelli creati uno dei più famosi pittori dell'Algarve, nel XVI secolo, Alvaro Диашем. Nella chiesa è conservato il vecchio piano della città. Nel 1828 alla chiesa è stata aggiunta la torre con la campana.

Nel 1924 la chiesa di San Sebastian è stato inserito nella lista dei monumenti di importanza nazionale.