Inizialmente al posto del palazzo di Ajuda, era un edificio di legno, costruito per la famiglia reale, che ha deciso di trasferirsi qui dopo il terremoto del 1755. Questo edificio si chiamava ancora «Reale baracca» o «Pavimento in palazzo». Un incendio ha distrutto la sua nel 1795, e al suo posto fu eretto il palazzo di pietra.

L'edificio ha cominciato ad essere costruito sotto la direzione dell'architetto Manuela Ситано de souza, che ha voluto fare il suo in stile tardo-barocco - rococò. Poco dopo la costruzione continuato architetti José da Costa e Francisco Xavier Fabri, ma l'edificio già costruito in stile neoclassico. La costruzione durò fino al 1807, e non è stata completata. Il palazzo è stato catturato dalle truppe di Napoleone, e la famiglia reale fu costretta a lasciare il Portogallo e rifugiarsi in Brasile. La costruzione proseguì lentamente, luoghi di fermo, l'aspetto del palazzo è variato in considerazione del fatto che in ogni fase della costruzione, è stato un altro architetto. Nel 1826, il palazzo è diventato di nuovo la residenza reale. Nel 1910, il palazzo è stato chiuso dopo la proclamazione della Repubblica e già aperta come museo nel 1968.

Il museo ospita una collezione di opere d'arte, a partire dal XV e termina XX secolo. Sale del palazzo sono decorate con arredi in stile Luigi XV, arazzi e statue. In un palazzo molto stravaganti oggetti d'arte decorativa. Una tale abbondanza di lusso è stato il risultato di ricchezza senza precedenti nel XVIII secolo, quando per la prima volta in Brasile sono stati aperti i diamanti. A stupire per la sua magnificenza, il giardino d'Inverno, sala da Ballo, sala Ambasciatore, così come la sala del Trono sale.

Finora il Palazzo è utilizzato dal governo in Portogallo per cerimonie ufficiali.