Nella storia del Giappone, ci sono stati tempi, quando i governanti favorirono la diffusione del cristianesimo, e periodi, quando si portato da oltre oceano la dottrina si è rivelato in disgrazia, e i suoi seguaci, essi furono perseguitati. Nel XV e XVI secolo il cristianesimo si diffuse rapidamente nelle isole dell'arcipelago, ma alla fine del XVI secolo era in divieto, e i residenti in Giappone confessato il suo segreto. Gli abitanti di Nagasaki furono costretti, ogni anno, di dimostrare che non sono cristiani. Per questo hanno proposto di calpestare l'immagine di Gesù Cristo e della Madre di Dio, e questo rituale, dovevano passare prima metà del XIX secolo. In generale il cristianesimo è stato vietato in Giappone per ben due secoli e mezzo, in questo periodo sono stati giustiziati, torturati o espulsi dal paese migliaia di persone che praticavano questa religione.

Il 5 febbraio 1597 a Nagasaki sono stati pubblicamente giustiziati per attività missionaria 26 persone, tra cui 20 giapponesi, quattro latino-americano e messicano e indiano. Per ordine di scogliere rosse poi shogun Hideyoshi Toyotomi arrestati cristiani torturati, poi ha portato a Nagasaki e crocifisso sulla croce, installati su una collina Нисидзака. Dopo la morte di morti martiri in acciaio leggere come dei santi e di riconoscere loro diverse meravigliose opere. Cento anni dopo la loro canonizzazione, nel 1962, su una collina, sono stati aperti un monumento e un museo. Il 6 febbraio la Chiesa Cattolica in Giappone celebra il giorno della memoria.

Nella collezione del museo contiene importanti documenti storici provenienti da Europa e composti in Giappone, opere d'arte del periodo del cristianesimo in Giappone. Esposizione in ordine cronologico, informano i visitatori con il periodo del cristianesimo, i tempi delle persecuzioni dei cristiani e la vita segreta dei cattolici nel periodo самоизоляции dello stato.

Attualmente il cristianesimo è la terza delle principali religioni in Giappone dopo il buddismo e scintoismo. All'inizio del XXI secolo il paese contava circa 2, 5 milioni di cristiani, soprattutto cattolici.