L'antica tradizione racconta che nel 1364 lituano un principe di nome Гоштаутас, ha invitato nel paese 14 frati francescani e ha dato loro una casa, per consentire loro di stabilirsi nel paese. Quando Гоштаутаса andato, tutti i monaci sono stati uccisi. Qualche tempo dopo, il principe ha invitato altri monaci francescani. Nuovi monaci ha fatto altrove, e in sede di morti monaci ha costruito la chiesa, così chiamato in onore di santa Croce.

Nel 1524, la chiesa di bruciato. Nel 1635, anno in questo luogo si stabilirono i sacerdoti бонифратры. Hanno iniziato la loro attività con il fatto che hanno costruito una nuova chiesa di santa Croce, fondato vicino monastero omonimo e si è aperto all'interno del monastero di ospedale. Più tardi ospedale trasformato in un ricovero per malati di mente. La chiesa di Гоштаутаса stato accantonato sotto monastica premessa. Ospedale psichiatrico agito di qui fino al 1903, quando è stato tradotto in nuovi edifici, costruiti appositamente per psichiatrico.

Nel 1737 la chiesa ancora una volta bruciato. Nel 1748, la chiesa è stata restaurata, è stato completamente ремонтирован interni, sono stati organizzati sei altari, ed è stato impostato un kostelnaya dipartimento, costruita in stile barocco. Allo stesso modo, in stile barocco decorato la facciata e l'edificio del monastero. Anche se dopo questa ristrutturazione esterna dell'edificio emersi elementi rococò. All'interno del tempio sorge maestosamente sopra di un ampio spazio in pietra, archi. Interessante combinazione di elementi architettonici del barocco, rococò e неорококо.

All'interno del santuario si trova la fonte, considerato miracoloso. Leggende dicono che la fonte è apparso improvvisamente vicino alla statua dell'Immacolata Concezione. Questo è il luogo dove erano torturati убиенные monaci francescani. Dicono che è particolarmente vantaggioso l'acqua di questa fonte per i pazienti che soffrono di глазными malattie.

Nella chiesa ci sono ancora e miracolosa croce, che è montato sopra all'altare maggiore. Al di sotto della croce è l'immagine della Beata vergine Maria con il bambino. Presumibilmente, il quadro dipinto nel 17 ° secolo, ma доподлинное origine dipinti sconosciuta. Anche lei brema miracolosa creazioni. Una copia del miracoloso dipinto della Beata vergine Maria con il bambino, sotto forma di affreschi, si può vedere e sulla facciata principale della Chiesa. Lei è sotto il timpano ad arco, costruito nel 1737 tra le due torri laterali della chiesa.

Tra il 1914 e il 1924 anni nel tempio si svolgevano un servizio speciale per gli studenti delle scuole lituane. In un periodo di Vilnius è stato invaso la Polonia, nel tempio non sono stati condotti servizio in lingua lituana.Nel 1843 Ordine бонифратров è stato abolito, e al posto del monastero rimane solo una rappresentanza. Nel 1909, la chiesa fu di nuovo ремонтирован. Al termine della Prima guerra mondiale, nel 1924, il vescovo Юргис Матулайтис ha invitato бонифратров di tornare al monastero di santa Croce. Il ritorno dei monaci in un monastero è stato molto puntuale. Hanno ristrutturato la chiesa, воздвигнув in esso sei altari. Inoltre hanno organizzato durante la santa delle dimore di ricovero per gli anziani e gratuita di una mensa per i bisognosi "Caritas".

All'inizio della Seconda guerra mondiale, i fratelli Вильны sono stati richiamati ordine бонифратров. Nel 1947 il convento ospitava suore della congregazione «Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria». Tuttavia, essi hanno regnato qui di breve durata. Le autorità sovietiche hanno chiuso nel 1949 e il monastero e la chiesa. Negli edifici del monastero erano situati appartamenti residenziali.

Nel 1976 il tempio rinnovato e messo in scena in lui l'auditorium Вильнюсской filarmonica, la cosiddetta «sala Piccola del barocco». Qui si svolgevano concerti musica d'organo.

Вильнюсское l'arcivescovado ha ricevuto indietro i loro edifici solo dopo il cambio di sistema politico, nel 1990. Il tempio e gli edifici del monastero sono stati ripristinati, santificati e trasferito di nuovo suore della congregazione sorelle dell'Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria».